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The Sanger Whole Genome CRISPR Arrayed Libraries

Cette banque est composée de 34.332 guides individuels dirigés contre 17.166 gènes humains.

Flexibilité d’Utilisation

Nous pouvons sortir les clones de manière individuelle.

Partenariat avec l’Institut Wellcome Trust Sanger

Millipore Sigma s’est associé à l’Institut Wellcome Trust Sanger de Cambridge, en Angleterre, un centre de recherche de renommée mondiale pour le séquençage, la bio-informatique et la biologie.

L’institut Wellcome Trust Sanger a conçu cette banque en s’appuyant sur ses bases de données de séquençage du génome, afin d’éviter les problèmes de SNP humains. Cela permet d’utiliser cette banque dans de nombreuses lignées cellulaires.

Les regles de design :

  • Optimiser l’inactivation du gène en ciblant la première moitié de la séquence codante de la protéine.
  • Cibler tous les transcrits.
  • Éviter les 90 premières bases de la séquence codante où se trouvent les codons Start alternatifs.
  • Cibler les séquences hautement conservées, en évitant les SNP, pour garantir leur présence dans plusieurs lignées cellulaires.
  • Appliquer des règles strictes pour réduire ou éliminer les effets off-target.

Tous les clones de Sanger respectent ces règles. La conception de Sanger exige au moins 3 paires de bases de mésappariement avec toute autre séquence du génome, afin que chaque paire de clones de la bibliothèque soit aussi spécifique que possible.

Conception du Vecteur Lenti-PB

Le vecteur Lenti-PB a été conçu par l’Institut Wellcome Trust Sanger pour faciliter l’intégration stable dans le génome via un lentivirus de l’ADN de PB.

Le vecteur lentiviral d’origine, utilisé par Koike-Yusa H. et al, a été modifié comme suit :

  • Pour minimiser l’impact de la transcription par le promoteur U6 du sgRNA sur la production de lentivirus, le promoteur U6 a été cloné dans une orientation inverse par rapport au promoteur CMV.
  • Une répétition terminale inversée (ITR) du transposon PB a été insérée en amont de la cassette U6-gRNA-Pgk-Puro-T2A-BFP, tandis que la seconde était positionnée en aval de la 3’ LTR lentivirale.

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